La actividad de investigación relacionada al desarrollo social e intelectual del individuo viene siendo desarrollada y estimulada en la USC desde la existencia de la institución y en las diversas áreas del conocimiento (salud, exactas, humanas y sociales aplicadas). 

En la Graduación, la Universidad estimula la investigación por medio de los Trabajos de Conclusión de Curso y de los Programas de Iniciación Científica, supervisados por un orientador cualificado.   Estos programas tienen como objetivo:

• Despertar la vocación científica e incentivar los nuevos talentos potenciales entre los estudiantes de graduación
• Propiciar a la institución un instrumento de formulación de política de iniciación a la investigación para alumnos de graduación
• Estimular una mayor articulación entre graduación y posgrado
• Contribuir a la formación de recursos humanos para la investigación
• Estimular a los investigadores de la institución a desarrollar alumnos de graduación en las actividades científica, tecnológica y artístico-cultural
• Proporcionar al alumno investigador, orientado por profesor cualificado, el aprendizaje de técnicas y métodos de investigación, así como el estímulo al desarrollo del pensamiento científico y de la creatividad, resultantes de las condiciones creadas por el enfrentamiento directo con los problemas de investigación.

Los Programas de Iniciación Científica de la USC funcionan desde 1993 y están compuestos por las siguientes modalidades:

• Programa Institucional de Becas de Iniciación Científica (PIBIC/CNPq): Incentivar la investigación en los más diversos campos, preparar a futuros investigadores que puedan pensar científicamente y con creatividad, para proponer explicaciones y soluciones en las condiciones creadas por el confronto directo con los problemas de investigación.
• Programa Institucional de Becas de Iniciación en Desarrollo Tecnológico e Innovación – (PIBITI/CNPq): Incentivar la investigación en los más diversos campos del desarrollo tecnológico e innovación, preparar a futuros investigadores que puedan pensar científicamente y con creatividad, para proponer nuevas tecnologías y patentes que tengan por objetivo la solución de situaciones del campo de trabajo.
• Programa Institucional de Becas de Iniciación Científica para Enseñanza Secundaria (PIBIC-EM/CNPq): Despertar la vocación científica e incentivar a talentos potenciales entre estudiantes de la enseñanza secundaria de la Red Pública de Educación, mediante su participación en actividades de investigación científica o tecnológica, orientadas por docente/investigador cualificado en instituciones de educación superior o institutos/centros de investigación. Este programa tiene como objetivo estimular en el estudiante el desarrollo del pensamiento científico, tecnológico y artístico-cultural, con mejoramiento del espíritu crítico y aprendizaje de técnicas y métodos científicos. 
• Iniciación Científica de la Fundación de Amparo a la Investigación del Estado de São Paulo (FAPESP): Desarrollo de investigación científica o tecnológica.
• Programa Voluntario de iniciación Científica (PIVIC y PIVITI/USC): Contribuir a la formación de recursos humanos para actividades de investigación y desarrollo tecnológico con alto potencial de innovación, realizando la transferencia de estas nuevas tecnologías a la sociedad.
• Fondo de Amparo a la Investigación de la USC (FAP/USC): Despertar vocación científica e incentivar nuevos talentos potenciales entre los estudiantes de graduación, propiciar a la institución un instrumento de formulación de política de iniciación a la investigación para alumnos de graduación y estimular una mayor articulación entre la graduación y el posgrado.

La USC cuenta, también, con un Programa de Iniciación a la Docencia:

• Programa Institucional de Beca de Iniciación a la Docencia (PIBID): Promover la inserción de los estudiantes en el contexto de las escuelas públicas desde el inicio de su formación académica para que desarrollen actividades didáctico-pedagógicas bajo la orientación de un docente de la licenciatura y de un profesor de la escuela.